Le recteur de l'académie de Bordeaux est directement responsable de la gestion d'un budget de près de 2,3 milliards d'euros dont 96% sont consacrés à la rémunération des personnels.
Ce budget est réparti en quatre programmes :
| Rentrée 2010 | Public | Privé s/contrat | TOTAL |
| Premier degré | 265711 | 32056 | 297767 |
| Pré-élémentaire | 99549 | 10887 | 110436 |
| Élémentaire | 164299 | 21007 | 185306 |
| Enseignement spécialisé | 1863 | 1627 | 2025 |
| Second degré | 199969 | 45644 | 245613 |
| Collège + SEGPA | 120908 | 26898 | 147806 |
| Second cycle (général et technologique) | 52164 | 11880 | 64044 |
| Second cycle professionnel (lycées professionnels) | 26269 | 6866 | 33135 |
| Établissements régonaux d'enseignement adapté (EREA) | 628 | 628 | |
| Centres de Formations d'Apprentis (CFA) (hors ministère de l'agriculture) | 16191 | 16191 | |
| Supérieur | 107436 | 107436 | |
| Classes préparatoires aux Grandes Écoles (CPGE) | 02944 | 2944 | |
| Sections de techniciens supérieurs + études comptables | 11971 | 11971 | |
| TOTAL POST BAC | 14915 | 14915 | |
| Universités (y compris IUT, IUP et écoles d'ingénieurs rattachées) | 71214 | 71214 | |
| Hors université et post-bac | 21307 | 21307 | |
| Rentrée 2010 | Public | Privé s/contrat | TOTAL |
| Premier degré | 2622 | 218 | 2840 |
| Pré-élémentaire | 750 | 5 | 755 |
| Elémentaire | 1872 | 213 | 2085 |
| Second degré | 388 | 151 | 539 |
| Collèges | 252 | 90 | 342 |
| Lycées | 70 | 35 | 105 |
| Lycées Professionnels | 61 | 26 | 87 |
| EREA | 5 | 5 | |
| Supérieur | 23 | 0 | 23 |
| Universités | 5 | 5 | |
| IUT | 6 | 6 | |
| IUFM | 1 | 1 | |
| Ecoles d'ingénieurs (rattachées aux universités et non rattachées) | 11 | 11 | |
| Enseignement public | TOTAL |
| ATOSS du second degré public (hors les personnels TOS relevant des collectivités) | 3286 |
| Personnels de surveillance du second degré (MI-SE + AED) | 2033 |
| Enseignants - premier degré | 15106 |
| Enseignants - second degré | 18885 |
| Enseignement privé sous contrat | TOTAL |
| Enseignants - premier degré | 1700 |
| Enseignants - second degré | 4100 |
